Церковь Богоявления с приделом преподобного Ферапонта – домовой храм патриарха Никона.

Двухшатровая надвратная церковь Богоявления с приделом преподобного Ферапонта уникальна полной сохранностью всех элементов архитектуры, характерных для русской строительной традиции XVII века. Почти квадратное в плане помещение церкви, поделено с востока на запад подпружной аркой на два неравных объема, асимметрия которых соответствует различию в ширине арочных пролетов святых ворот, предназначавшихся для обыденного и праздничного входов в монастырь. В настоящее время церковь имеет четырехскатную кровлю, над которой возвышаются два глухих покрытых тёсом, шатра. Шатры на восьмериках поставлены над серединой здания без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек. Вместе с примыкающей с юга Казенной палатой Святые врата с надвратными церквями образуют главный фасад Ферапонтова монастыря. Во время ссылки в монастырь патриарха Никона (1666–1676), церковь Богоявления стала его домовым храмом. Здесь вел службу, находившийся вместе с Никоном, поп Варлаам, так как бывший патриарх был лишен священнического сана.

Богоявленская церковь сохранила все элементы убранства интерьера. С севера на юг храм пересекает резной иконостас XVIII века, за которым сохранились расписные тябла XVII. В 1781 году в Ферапонтовской обители, при игумене Павле, принимается решение о постройке в надвратных церквях нового иконостаса. В одной из монастырских книг, за №10 от 23 сентября, сохранилась запись денежного расхода об уплате мещанину Александру Шушерину «во оправлении в оном Ферапонтове монастыре над святыми вратами в церквях Богоявления Господня и преподобного Ферапонта иконостаса резного золоченого по договору во сто шестьдесят рублев задатком в уплату денег тридцать рублев». Там же имеется запись расходов на материалы: «соснового и красного тесу в шестьдесят тесин мерой». Двухярусный, резной иконостас надвратных церквей прекрасно сохранился до нашего времени.

В 1824 году его иконы были поновлены, а венцы вызолочены, что отмечается последующими описями. С начала 50-х годов живописные работы в монастыре выполнял белозерский купец Александр Акинин. Он расписал надвратную церковь с приделом, поновил или заменил на новые иконы в основном и придельном иконостасах. Уже в 1875 г. стенопись А. Акинина в надвратной церкви была «поправлена» устюжским живописцем Николаем Сулимовым. В ходе работ, настоятель отец Арсений (Разумовский) предполагал переосвятить храм Богоявления во имя пророка и крестителя Иоанна Предтечи. Этого не случилось, так как кирилловское духовное правление не нашло для того «особого основания». Однако данное намерение предопределило сюжеты росписей: частично сохранились «Рождество Иоанна Предтечи», «Богоявление» и другие. В приделе преподобного Ферапонта есть несколько сцен, иллюстрирующих житие основателя монастыря.

С 1989 года в надвратных церквях возобновлены богослужения.