Церковь - усыпальница преподобного Мартиниана, Белозерского чудотворца

Архитектурная конструкция церкви, возведенной кирилловскими мастерами, проста и лаконична. Это небольшой четверик с восьмигранным шатром, тонким световым барабаном и луковичной главкой.

Резная надпись на белокаменной храмоздательной доске у входа в церковь сообщает о завершении ее строительства 1 августа 1641 г.

Главная святыня храма – мощи преподобного Мартиниана – находятся под спудом в нише у северной стены. Подвижник возглавлял Ферапонтову пустынь между 1427 и 1435 годом. Влияние этой сильной, активной личности отразилось на всех сферах хозяйственной и духовной жизни монастыря, так что в грамотах, вплоть до XVI века, пустынь именуется «Мартемьяновской». Умер преподобный в 1483 году.

Через тридцать лет состоялось обретение его мощей, с последующим прославлением и канонизацией. Рака, стоящая над захоронением святого, представляет собой полый деревянный саркофаг без дна, закрытый сверху иконой с изображением подвижника. В 1859 году для иконы был изготовлен посеребренный оклад.

В начале XVI века художник Дионисий с сыновьями, расписывая собор Рождества Богородицы, исполнил над захоронением святого фреску, засвидетельствовав тем самым высокую оценку личности преподобного. В центре композиции, на лопатке примыкающего к церкви собора, располагалась утраченная ныне Богматерь Печерская с младенцем Христом. Ей предстояли архангелы, Николай Чудотворец и коленопреклоненные святые Ферапонт и Мартиниан. Представив в одной сцене, живших в разные исторические эпохи и не канонизированных на тот период времени основателей монастыря, художник ввел традицию их парного изображения.

В северо-восточном углу церкви – еще одно погребение. Там покоится ученик преподобного Мартиниана, архиепископ Ростовский – Иоасаф Оболенский. Он, руководивший строительством собора Рождества Богородицы в Ферапонтовом монастыре, является возможным заказчиком Дионисию работ по росписи собора.

С 1838 года в церкви стоит двухъярусный иконостас. Работами по его созданию и установке руководил вологодский мещанин Николай Милавин. Иконы выполнены в технике масляной живописи вологодскими мастерами. Местный ряд начинается иконой «Белозерские чудотворцы», где изображены преподобные Кирилл Белозерский, Кирилл Новоезерский, Ферапонт и Нил Сорский. За ней следуют «Богоматерь Владимирская», «Троица Ветхозаветная» - образ напоминающий об игуменстве преподобного Мартиниана в Троице-Сергиевом монастыре (1447-1455 годы). Замыкает ряд храмовая икона с изображением подвижника, где он представлен в рост, на фоне пейзажа, в молении Господу Вседержителю.

В убранстве интерьера церкви, сохранилась масляная настенная живопись, выполненная в стилистике провинциального академизма белозерским живописцем А. Акининым в середине XIX века. На одной из сцен, рядом с захоронением святого, представлены основатели монастыря. На стене, примыкающей к церкви трапезной, композиции идут в следующем порядке: «Поселение Ферапонта между Бородаевским и Паским озерами», «Беседа с наместником князя о вещах духовных», «Приход в Ферапонтов монастырь посланника от князя Андрея Дмитриевича Можайского», «Прощание Ферапонта с братией».

В интерьере церкви экспонируются иконы XVII–XX веков, принесенные в дар Музею фресок Дионисия. Среди дарителей искусствовед Г.И. Вздорнов, детский писатель Ю.И. Коваль, Московское художественное училище памяти 1905 года, и другие.

С 1997 года в церкви возобновлены богослужения.