Собор Рождества Богородицы поставлен ростовскими зодчими на месте сменивших друг друга деревянных храмов 1409 и 1466 годов постройки с таким же освящением. Престолы дошедшего до нашего времени каменного собора освещены 8 сентября (ст. ст.) 1490 г.
Первая каменная постройка не только Ферапонтова монастыря, но и всего Белозерского края, собор сооружен как четырехстолпный крестово-купольный храм на высоком подклете с тремя выступающими с восточной стороны алтарными апсидами. Барабан с барочной главкой и четырехскатная кровля ‒ элементы переделок ХVIII в.
Стены собора расчленены узкими лопатками на три прясла, завершающимися закомарами с чередованием орнаментальных полос разнообразной кирпичной кладки, терракотовых плиток растительного орнамента и балясин. На каждом фасаде и на барабане последовательность и количество поясов индивидуальны. Над цоколем западной и южной стен ‒ дополнительный ряд керамических плит с ангобом, на которых чередуются изображения фантастического зверя «Царствия небесного» и двойного рапорта растительного орнамента.
Экспозиция «Монашеская келья» расположена на первом этаже Братского корпуса – двухэтажного кирпичного здания, примыкающего к Святым вратам и алтарной части церкви преподобного Иоанна Лествичника. В келье сохранились первоначальные стены и своды. Печь воссоздана по аналогии. Пол сделан реставраторами по древней технологии: волнистые неровности поверхности пола оставил топор – главное орудие плотничьего мастерства XVII – XVIII веков. Дверной и оконные проемы выполнены с закладными деревянными колодами по образцам XVII века. Дверной замок и ключ к нему по старым аналогам выковал кирилловский кузнец Н.В. Митин. Обращают на себя внимание необычные оконницы, воспроизводящие характерное устройство слюдяных оконниц XVII века.
Экспозиция находится в 1 зале Трапезной палаты и повествует об основании монастыря и преподобном Кирилле Белозерском.В экспозиции представлены уникальные памятники, связанные с именем святого подвижника Белозерского края.
Экспозиция находится во 2 зале Трапезной палаты и рассказывает посетителям о жизни монастырской общины. Комплексы экспозиции посвящены монастырскому хозяйству, послушаниям и отражают занятия иноков, их деятельность внутри обители и за ее пределами.
Экспозиция находится в 3 зале Трапезной палате и освещает историю Кирилловой обители в XVI‒XVIII веках, а также знакомит посетителей с историей Нило-Сорской пустыни, Кирилло-Новоезерского и Горицкого монастырей.
На выставке представлены уникальные исследовательские материалы, раскрывающие высочайший уровень живописной и духовной культуры московских стенописцев начала XVI века.
