Широкой публике давно известны художественные памятники XV–XVII веков, принадлежащие к числу совершенных образцов русского средневекового искусства, поступившие из храмов Кирилло-Белозерского, Ферапонтова и Горицкого монастырей. Среди них иконописные ансамбли конца XV века соборов Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря и Успения Богородицы Кирилло-Белозерской обители, произведения ювелирного искусства, исполненные виртуозными серебряниками Оружейной палаты, изделия лицевого шитья работы искусных мастериц Вознесенского монастыря Московского Кремля и Горицкой обители.
Двухшатровая надвратная церковь Богоявления с приделом преподобного Ферапонта уникальна полной сохранностью всех элементов архитектуры, характерных для русской строительной традиции XVII века. Почти квадратное в плане помещение церкви, поделено с востока на запад подпружной аркой на два неравных объема, асимметрия которых соответствует различию в ширине арочных пролетов святых ворот, предназначавшихся для обыденного и праздничного входов в монастырь. В настоящее время церковь имеет четырехскатную кровлю, над которой возвышаются два глухих покрытых тёсом, шатра. Шатры на восьмериках поставлены над серединой здания без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек. Вместе с примыкающей с юга Казенной палатой Святые врата с надвратными церквями образуют главный фасад Ферапонтова монастыря. Во время ссылки в монастырь патриарха Никона (1666–1676), церковь Богоявления стала его домовым храмом. Здесь вел службу, находившийся вместе с Никоном, поп Варлаам, так как бывший патриарх был лишен священнического сана.
Самая ранняя рукописная книга из собрания музея датируется началом XV века. Она является богослужебным сборником, написанным на пергамене и принадлежавшим основателю монастыря преподобному Кириллу Белозерскому. Будучи энциклопедически образованным человеком, он положил начало монастырской библиотеке. Книжное собрание Кирилло-Белозерского монастыря было одним из самых больших и ценных. В конце пятнадцатого века оно насчитывало 212 книг. Известно 12 книг из келейной библиотеки основателя. Его книги переписывали и хранили как святыни. До нас дошли 13 рукописных книг, написанных в монастыре при жизни основателя. Два сборника пятнадцатого века, хранящиеся в Кирилло-Белозерском музее-заповеднике, и книга «Лествица» Иоанна Синайского с сочинениями Аввы Дорофея из фондов Российской национальной библиотеки представлены на выставке в электронном виде. При жизни преподобного Кирилла Белозерского в монастыре имелось по крайней мере три «Лествицы» Иоанна Синайского. В XVI веке «Лествица» была одной из самых читаемых книг в Кирилло-Белозерском монастыре: число списков «Лествицы» увеличилось с семи рукописей в конце XV века до двадцати четырех в конце XVI века.
Экспозиция находится в 1 зале Трапезной палаты и повествует об основании монастыря и преподобном Кирилле Белозерском.В экспозиции представлены уникальные памятники, связанные с именем святого подвижника Белозерского края.
Экспозиция находится во 2 зале Трапезной палаты и рассказывает посетителям о жизни монастырской общины. Комплексы экспозиции посвящены монастырскому хозяйству, послушаниям и отражают занятия иноков, их деятельность внутри обители и за ее пределами.
Экспозиция находится в 3 зале Трапезной палате и освещает историю Кирилловой обители в XVI‒XVIII веках, а также знакомит посетителей с историей Нило-Сорской пустыни, Кирилло-Новоезерского и Горицкого монастырей.
На выставке представлены уникальные исследовательские материалы, раскрывающие высочайший уровень живописной и духовной культуры московских стенописцев начала XVI века.