Музей фресок Дионисия является филиалом Кирилло-Белозерского музея-заповедника, его экспонаты, сохранившиеся к 20-м годам ХХ века, были постепенно поставлены на учёт. К 1970-м годам большая часть из них, за исключением стенописи собора, была перевезена на хранение в головной музей.
В связи с необходимостью представления истории и культуры Ферапонтова монастыря и его вотчины XV–XX веков, как центра традиционной культуры России с 1993 года в филиале стали формироваться фонды коллекций живописи, графики, рукописных и старопечатных книг, прикладного искусства. Основой фонда дерева стали предметы крестьянского быта из округи Ферапонтова монастыря. Это этнографическое наследие вотчинных крестьян монастыря послужило основой для формирования коллекций фонда дерева, представляющих историю Ферапонтова монастыря и его вотчины: ткацкие станки (кросна), прялки, посуда, мебель, орудия крестьянского труда. К настоящему времени этот фонд включает около пяти тысяч экспонатов и является самым большим в Музее фресок Дионисия. Коллекции этого фонда представляются на разнообразных выставках музея, знакомящих посетителей с жизнью монастырской вотчины Ферапонтова монастыря, функциональными особенностями бытовавших в крестьянской среде предметов. В перспективе эти предметы станут основой для экспозиций Музея местного крестьянства, который будет размещен в музейном комплексе «Цыпино», расположенном в 1,5 км от села Ферапонтово.
