На протяжении нескольких лет на территории Кирилло-Белозерского монастыря проводятся археологические исследования под руководством сотрудников Научно-исследовательского центра «Древности». В 2004 году была частично изучена территория Тюремного двора — участка, расположенного между стенами Нового города (середина ХVII века) и стенами Успенского монастыря (ХVI век). "Раскоп находился вдоль тюремных келий, его длина составила 10 метров, а ширина 6 метров. В ходе археологического исследования были выявлены мощные (до 2,7 метров) напластования" [i]. Культурный слой ХV—ХVI веков достаточно влажный, благодаря чему неплохо сохранились разнообразные изделия из кожи, дерева и бересты.
