Архитектурная конструкция церкви, возведенной кирилловскими мастерами, проста и лаконична. Это небольшой четверик с восьмигранным шатром, тонким световым барабаном и луковичной главкой.
Резная надпись на белокаменной храмоздательной доске у входа в церковь сообщает о завершении ее строительства 1 августа 1641 г. Главная святыня храма – мощи преподобного Мартиниана – находятся под спудом в нише у северной стены. Подвижник возглавлял Ферапонтову пустынь между 1427 и 1435 годом. Влияние этой сильной, активной личности отразилось на всех сферах хозяйственной и духовной жизни монастыря, так что в грамотах, вплоть до XVI века, пустынь именуется «Мартемьяновской». Умер преподобный в 1483 году.
В настоящее время в фонде почти полностью представлена коллекция "Керамика", кроме изразцов. Основную часть «открытого» фонда составляет коллекция народной керамики: чернолощеные сосуды, красноглиняные пивные корчаги, горшки, кринки, разливы, миски, латки и другая глиняная посуда конца XIX − начала XX веков, собранная в ходе экспедиций в Кирилловском, Белозерском, Вожегодском, Тарногском и Вашкинском районах Вологодской области. Сотрудниками музея выявлены крупные центры по производству керамики, собран материал по истории промысла, технике изготовления, использованию и сбыту продукции. Одним из крупных поступлений была керамика из мастерской Александра Павловича Левашова (1909–1984 гг.) из деревни Ситька Николоторжского с/с Кирилловского района. До сих пор его авторские работы являются основой выставки по гончарному производству. Особый интерес представляет собой чернолощеные керамические сосуды из Белозерского района и бывшей Бураковской волости, по своей обработке блестящие, похожие на металлические. В составе коллекции есть работы современных народных мастеров России С.Г. Феньвеши и В.В. Холщагина, члена Союза художников С.А. Лопатенко из г.Череповца.
Широкой публике давно известны художественные памятники XV–XVII веков, принадлежащие к числу совершенных образцов русского средневекового искусства, поступившие из храмов Кирилло-Белозерского, Ферапонтова и Горицкого монастырей. Среди них иконописные ансамбли конца XV века соборов Рождества Богородицы Ферапонтова монастыря и Успения Богородицы Кирилло-Белозерской обители, произведения ювелирного искусства, исполненные виртуозными серебряниками Оружейной палаты, изделия лицевого шитья работы искусных мастериц Вознесенского монастыря Московского Кремля и Горицкой обители.
Казённая палата представляла собой квадратное в плане здание, примкнувшее к западной стене Святых ворот. Позднее, во второй половине ХVI века, к этому ядру был пристроен вытянутый корпус, гораздо больших размеров, представляющий в плане вытянутый прямоугольник. По его продольной оси проходила аркада, опиравшаяся на два столба и на торцовые стены. С боковых стен к аркаде были переброшены коробовые своды. По стенам здания, чередуясь с окнами, располагалось в два яруса множество ниш, для размещения хранившегося в казне имущества.
Двухшатровая надвратная церковь Богоявления с приделом преподобного Ферапонта уникальна полной сохранностью всех элементов архитектуры, характерных для русской строительной традиции XVII века. Почти квадратное в плане помещение церкви, поделено с востока на запад подпружной аркой на два неравных объема, асимметрия которых соответствует различию в ширине арочных пролетов святых ворот, предназначавшихся для обыденного и праздничного входов в монастырь. В настоящее время церковь имеет четырехскатную кровлю, над которой возвышаются два глухих покрытых тёсом, шатра. Шатры на восьмериках поставлены над серединой здания без всякой связи с системой перекрывающих храм сводов. Их вес передается на стены при помощи остроумно размещенных разгрузочных арочек. Вместе с примыкающей с юга Казенной палатой Святые врата с надвратными церквями образуют главный фасад Ферапонтова монастыря. Во время ссылки в монастырь патриарха Никона (1666–1676), церковь Богоявления стала его домовым храмом. Здесь вел службу, находившийся вместе с Никоном, поп Варлаам, так как бывший патриарх был лишен священнического сана.
Самая ранняя рукописная книга из собрания музея датируется началом XV века. Она является богослужебным сборником, написанным на пергамене и принадлежавшим основателю монастыря преподобному Кириллу Белозерскому. Будучи энциклопедически образованным человеком, он положил начало монастырской библиотеке. Книжное собрание Кирилло-Белозерского монастыря было одним из самых больших и ценных. В конце пятнадцатого века оно насчитывало 212 книг. Известно 12 книг из келейной библиотеки основателя. Его книги переписывали и хранили как святыни. До нас дошли 13 рукописных книг, написанных в монастыре при жизни основателя. Два сборника пятнадцатого века, хранящиеся в Кирилло-Белозерском музее-заповеднике, и книга «Лествица» Иоанна Синайского с сочинениями Аввы Дорофея из фондов Российской национальной библиотеки представлены на выставке в электронном виде. При жизни преподобного Кирилла Белозерского в монастыре имелось по крайней мере три «Лествицы» Иоанна Синайского. В XVI веке «Лествица» была одной из самых читаемых книг в Кирилло-Белозерском монастыре: число списков «Лествицы» увеличилось с семи рукописей в конце XV века до двадцати четырех в конце XVI века.
Основу обширной коллекции археологии составляют материалы, поступившие в музей в результате экспедиционных исследований 1980 – 1990-х гг. Основная часть экспонируемых материалов относится ко времени средневековья, представленного всеми типами археологических памятников: сельскими поселениями, городищами, могильниками. Среди них наиболее интересны находки из летописного города Белоозера, многослойных памятников Мининского археологического комплекса, могильников Нефедьево и Кемского некрополя. Материалы археологических раскопок, проводившихся на территории Кирилло-Белозерского монастыря, составили основу позднейшей в хронологическом отношении части археологической коллекции музея.
Экспозиция «Древности Белозерья» располагается в четырёх залах. В первом зале представлены реконструкция погребения эпохи мезолита, керамика неолита, а также карта Белозерского края, на которой отмечены около 500 археологических памятников. В следующем зале находятся материалы по древнейшим поселениям Белозерья эпохи камня, бронзы и раннего железа. Экспонаты, карты, схемы, реконструкции рассказывают о заселении края финно-уграми и славянами в X – XIII вв.
Успенский собор является выдающимся памятником художественной культуры древней Руси, вернее целым комплексом памятников, сложившимся в течение веков. В истории архитектуры Успенский собор занимает видное место, входя вместе с соборами Спасо-Каменного и Ферапонтова монастырей в группу первых каменных построек Белозерского края, положивших начало монументальному строительству на русском Севере. Успенский собор был построен артелью ростовских мастеров и есть достаточные основания считать, что и два его предшественника также создавались ростовскими зодчими.
Экспозиция находится в 1 зале Трапезной палаты и повествует об основании монастыря и преподобном Кирилле Белозерском.В экспозиции представлены уникальные памятники, связанные с именем святого подвижника Белозерского края.
