Идея создания музея на территории Цыпинского погоста возникла не сразу. Все началось в далекие советские времена. Деревянная Ильинская церковь, имевшая когда-то самый большой приход в Кирилловском уезде, была построена в 1755 году недалеко от Ферапонтова монастыря. Являясь уникальным объектом северной деревянной архитектуры, храм пророка Илии, без сомнения, представлял интерес для истории и культуры страны. После ликвидации прихода за храмом никто не следил, и храм все больше разрушался. Сразу после войны 1945 года часть предметов интерьера Ильинской церкви были поставлены на учет в Кирилловском краеведческом музее. Это были некоторые старинные иконы, богато убранные паникадила и кресты, всего 124 предмета. В конце 50-х годов купол церкви обрушился, кровля над трапезной сильно протекала, но иконостасные иконы продолжали находиться в храме вплоть до 1960 года. В то время такое состояние было типичным для многих объектов деревянного зодчества.
Судьба церкви пророка Илии сложилась более-менее благополучно, по сравнению с многими другими деревянными храмами Русского Севера. Территориальная близость и историческая связь с Ферапонтовым монастырем подтолкнула руководство музея фресок Дионисия к идее присоединить храм к ансамблю Ферапонтова монастыря и тем самым спасти его. А так как смотреть фрески Дионисия приезжали многочисленные художники, архитекторы, реставраторы и историки культуры, то проблемы разрушающегося Цыпинского памятника оказались «на виду».
В начале 70-х годов церковь была передана в управление культуры Вологодского областного исполкома, который начал «противоаварийные работы». К сожалению, работа велась непрофессионально и ограничилась лишь установкой лесов сначала вокруг, а затем и внутри храма, что сильно ухудшило состояние памятника, разрушив его стены до половины.
Лишь в 1984 году церковь была передана Музею фресок Дионисия. И только к 1990 году музей отвоевал право быть заказчиком реставрационных работ для входящих в его состав памятников. Выбор пал на проектные мастерские «Союзреставрация» Министерства культуры России, под руководством известного исследователя деревянной архитектуры И.Н. Шургина. Несмотря на экономический хаос, царящий в то время в стране, и отсутствие финансирования, реставраторы смогли провести все необходимые исследования и разработать проект реставрации. К сожалению, воплотить в жизнь проект не удалось. И лишь в 2000 году музей начал сотрудничать с московской реставрационной фирмой «Каренси», под руководством опытного реставратора А.В. Попова, который и довел дело до конца. Поскольку состояние церкви за это время сильно ухудшилось, реставраторы вынуждены были разработать новый проект и новый метод реставрации. В результате многочисленных дискуссий, было принято решение проводить реставрацию методом полной переборки. Что и было реализовано.
В 2009 году все работы по реставрации были завершены, и Ильинский храм обрел новую жизнь. Внутри был восстановлен иконостас, а в боковых галереях расположились экспозиции, посвященные истории реставрации храма и семье Бриллиантовых. Позже к ним присоединилась выставка, рассказывающая о семье крестьян Ильинского прихода Рябковых. Исследовательская работа по истории Цыпинского погоста продолжается, это способствует рождению новых проектов.
Интересным событием, в рамках культурных связей между Польшей и Вологодской областью, стало сотрудничество группы польских реставраторов и студентов с реставрационной организацией ООО «Электра» из Вологодской области. Группу польских реставраторов возглавляла профессор Гданьского политехнического университета, архитектор Романа Чёлонтковска. Результатом этой совместной деятельности стало перенесение часовни из деревни Пасынково Талицкого сельского поселения на территорию Цыпинского погоста. Таким образом на территории музейного комплекса появился еще один архитектурный объект. Часовня была не просто перевезена и сохранена, она была возвращена к жизни и стала использоваться по своему прямому назначению.
Сейчас в Ильинской церкви, кроме постоянных экспозиций, можно увидеть выставки современных художников, посвященных теме Русского севера. На территории погоста, вдоль основной прогулочной тропы, появилась уличная экспозиция. Она рассказывает об истории этих мест и о людях, которые были связаны с этой историей, а также об уникальной природе Русского Севера. Посетители могут не только познакомиться с экспозициями, купить на память сувениры или заказать экскурсию, но и просто прогуляться по территории музейного комплекса, наслаждаясь прекрасными видами на храм и Ильинское озеро.
В планы музея входит дальнейшее поэтапное восстановление утраченных архитектурных объектов Цыпинского погоста, расширение тематических экспозиций, а также перевоз и установка некоторых дополнительных архитектурных сооружений, памятников деревянного храмового зодчества. Это позволит полнее раскрыть важные темы музейного комплекса: уникальность культурных традиций Русского Севера, мастерство местных плотников и технологии работы с деревом, особенности уклада жизни крестьян Кирилловского уезда в дореволюционные времена, роль и значимость сельских храмов в жизни крестьян и их семей.
Важным событием, ежегодно проходящем на территории музейного комплекса «Цыпино», являются Ильинские гуляния. Традиция гуляний упоминается уже в XVIII веке. Эти гуляния были связаны с приходским праздником, который начинался утренним молебном, продолжался крестным ходом, затем следовало «водосвятие» на Ильинском озере и заканчивался праздник народными гуляниями и ярмаркой. Современные Ильинские гуляния, сохраняя основную структуру, расширяют знакомство публики с удивительной культурой Русского Севера. В этот день, по приглашению музея, сюда съезжаются интересные певческие коллективы и яркие представители народных художественных промыслов, проводятся вокальные выступления, инструментальные концерты, мастер-классы, игры и конкурсы для детей и взрослых. С каждым годом музейный комплекс «Цыпино» принимает на своей территории все больше публики.
