Церковь Преображения своими архитектурными формами характерна для памятников зодчества Вологодско-Белозерского края XVI века. Она повторяет основные особенности этих памятников, такие как покрытие по ярусам кокошников и украшение поясами разнообразных впадин, восходящие к первым каменным сооружениям этого края ― соборам конца XV века в Спасо-Каменном, Ферапонтове и Кирилло-Белозерском монастырях. При этом архитектура церкви имеет ряд местных черт. Таковы «полукокошники» в примыкании к малым барабанам, своеобразные капители порталов, по-своему интерпретирующие традиционную форму «снопиков», упрощенная профилировка междуэтажных тяг и карнизов, грубоватость рисунка деталей. В совокупности эти черты позволяют сделать предположение, что церковь сооружена местными мастерами. (Однако, наличие у монастыря собственных каменщиков документами зафиксировано только для более позднего времени — первой половины XVII века).
