Музей Фресок Дионисия начал формировать свои фонды в 1993 году. За этот период в музей поступило более восьми тысяч предметов основного фонда и более двух тысяч предметов научно-вспомогательного фонда. Сформировались интересные коллекции старопечатных книг, графики, живописи, икон. Самую большую коллекцию составляют предметы прикладного искусства, быта и этнографии (фонд дерева, керамики, металла и тканей). Часть этих коллекций представлена в экспозициях, но большая часть хранится в фондах музея, благодаря которым обновляются экспозиции и проходят выставки. Ежегодно фонды пополняются новыми экспонатами.
