С 1994 года в связи с реставрационными работами осуществляются археологические исследования различных участков Кирилло-Белозерского монастыря. Раскопки проводятся специалистами вологодского научно-производственного центра «Древности севера» под руководством И.В. Папина. Находки, обнаруженные в ходе исследований, пополняют музейные фонды. Назначение большинства предметов знакомо, понятно и не вызывает вопросов. В основном это фрагменты керамической посуды, архитектурные детали, бытовые изделия из железа, кожи, дерева и стекла. Но встречаются также и находки - «загадки».
