По Постановлению Совета Министров РСФСР от 30 августа 1960 года №1327 «О дальнейшем улучшении дела охраны памятников культуры в РСФСР» «Ансамбль Кирилло-Белозерского монастыря, XV–XVII вв. Вологодская область г. Кириллов», был принят под государственную охрану как памятник архитектуры государственного значения. Музей существовал в монастыре с 1924 года. Указом Президента Российской Федерации от 20 февраля 1995 года №176 «Об утверждении Перечня объектов исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения» Кирилло-Белозерский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник перечислен в списке историко-культурных музеев-заповедников и музейных комплексов.
