Ферапонтов монастырь, основанный иноком Московского Симонова монастыря прп. Ферапонтом, в 1398 году становится крупным духовным и культурным центром Белозерья. Обитель входила в состав Ростовской епархии. Земли, на которых находился монастырь, принадлежали сыну Дмитрия Донского Андрею Дмитриевичу Можайскому. Он позвал прп. Ферапонта для основания своего Лужецкого монастыря. Правление Андрея Дмитриевича завершилось с его смертью 9 июля 1432 года. Владения князя Андрея были разделены между двумя его сыновьями: старший, Иван Андреевич, получил в удел Можайск и Калугу, младший, Михаил Андреевич, – Верею и Белоозеро. Права князя Михаила на Белоозеро с «волостями» признал великий князь Московский Василий Васильевич. Именно во время долгого правления в Белозерье князя Михаила Андреевича (1432–1486) Ферапонтов монастырь, постепенно делавшийся крупным землевладельцем, оказывается вовлеченным в гущу важнейших политических событий – это династическая смута в великом княжестве Московском во второй четверти XV века или «замятня», как тогда называли. Ферапонтов монастырь оказался в числе тех обителей, которые сделали выбор в пользу одной из противоборствующих сторон. В значительной степени именно вовлечение монастыря прп. Ферапонта в московскую политику сказалось на росте его церковного значения во второй половине XV века. Князь Михаил Андреевич, ставший новым покровителем обители, оказывает ей большую поддержку. Не известно никаких подробностей ни об одном из пожалований в обитель со стороны его отца, князя Андрея Дмитриевича, хотя они, несомненно, имели место. А от эпохи Михаила Андреевича имеются сведения о двенадцати жалованных грамотах, которые сохранились в подлинниках, копиях или известны по упоминаниям. Интересно, что половина этих грамот относится именно к периоду династической смуты в великом княжестве Московском: на рыбную ловлю и беспошлинную торговлю рыбой, разрешение жителям села Крохино чистить болото, на монастырские пустоши и пожни, на лес по реке Сусле. Как видно, покровительство князя Михаила Ферапонтову монастырю с экономической точки зрения было достаточно серьезным. Уже в течение 30 – начале 50 годов XV века монастырь получил разнообразные пожалования, но необходимо учитывать, что в начальные годы княжения Михаил Андреевич, вероятно, еще был мал, и распоряжения исходили не от него лично, а от его окружения, или от старшего брата Ивана Андреевича.
Помимо разного рода пожалований, что определяло известную зависимость обители от Белозерского князя, можно говорить о патронате с его стороны, которое выражалось в административной власти Михаила Андреевича над монастырем. Самое важное – игумен монастыря, выбираемый братией, должен был утверждаться князем. Так, например, произошло во время избрания игуменом прп. Мартиниана (не позднее 1435 года). Тесные связи существовали между Ферапонтовым монастырем и князем Михаилом Андреевичем Белозерским уже в первое время после его княжения. Нужно предполагать, что находившийся в большой зависимости от него монастырь должен был втягиваться в политическую деятельность своего покровителя. Какой же была эта деятельность в те годы? Князь Михаил являлся видным участником династической смуты второй четверти XV века в великом княжестве Московском. Историк А.А. Зимин называет его, наряду с серпуховским князем Василием Ярославичем, наиболее преданным союзником великого князя Василия Васильевича, боровшегося за верховную власть со своим дядей Юрием Дмитриевичем Звенигородским, а затем с его сыновьями. Принципиально важным является то, что Михаил Андреевич был женат на дочери князя Ярослава Владимировича Серпуховского, вторая дочь которого находилась замужем за великим князем Василием II. Безусловно, именно этим во многом определялась та последовательная и постоянная поддержка, которую оказывал великому князю Московскому его родственник, владевший Белоозером. В 1434 году Юрий Дмитриевич Звенигородский совершил военный поход в Белозерье, на волости князя Михаила, сопровождавшийся захватом полона, это был контрудар, нанесённый в ответ на предпринятый чуть ранее поход войск Михаила Андреевича против Галича в союзе с Василием II.
Стоит отметить еще одну силу, которая оказывала влияние на Ферапонтов монастырь. Это епархиальная администрация. Каким бы значительным ни был характер патроната светской власти по отношению к обители, чисто церковные вопросы решались на уровне епархий: выдача антиминсов для храмов, рукоположение монахов, суд по духовным вопросам и т. д. – все исходило от архиереев. В годы династической смуты второй четверти XV века в великом княжестве Московском Ростовскую епархию, в составе которой был Ферапонтов монастырь, возглавлял архиепископ Ефрем (на кафедре с 1427 года, с 1448 года – архиепископ). Он являлся одним из самых влиятельных епископов того времени. В годы усобицы в роду потомков Дмитрия Донского, когда в течение нескольких лет пустовала митрополия всея Руси, Владыка Ефрем мог быть претендентом на рукоположение в митрополиты после смерти митрополита Фотия. Он оказывался старшим по иерархии среди архиереев (при традиционном отстранении архиепископа Новгородского от общерусских церковных дел) хотя он никогда не был местоблюстителем митрополичьего престола, его иерархическое первенство, во время проведения церковных соборов могло играть определенную роль. Очевидно, что архиепископ Ефрем являлся решительным противником Галичских князей – Василия Косого и Дмитрия Шемяки, детей Юрия Дмитриевича Звенигородского. Противостояние епископа Ростовского с детьми Юрия подтверждают следующие примеры: весной 1435 года перед началом военных действий, его «пограбил» Василий Косой. В 1436 году после девятинедельной осады Великого Устюга, по приказу Василия Косого был повешен устюжский десятильник епископа Ефрема Иов Булатов, в 1446–1447 годах Владыка Ефрем являлся деятельным участником противостояния Дмитрия Шемяки с Василием Темным, выступая на стороне Василия Васильевича. Высоко ценивший заслуги Владыки Ефрема Василий Темный в 1448 году после заключения перемирия с Шемякой, приехал из Костромы в Ростов, в декабре этого же года епископ был рукоположен в архиепископы.
